Titre : Etude de la diversité génétique, de la virulence et de la sensibilité aux antibiotiques de souches de Lactococcus garvieae isolées de fermes aquacoles
Démarrage de la thèse : 02/12/2024
Fin de la thèse :
Thèse en cours
La thèse LACTOFISH
A partir des souches épidémiques conservées par les vétérinaires et les laboratoires d’analyse, une première étude de la diversité génétique pourra être conduite afin
(i) d’identifier la parenté entre les souches par une approche génomique: est-ce un seul et même clone qui circule ou plusieurs ? Comment le ou les clones émergents en Bretagne se comparent aux clones du Sud-Ouest de la France ou d’autres pays, voire d’autres contextes d’isolement. Quels scénarii de diffusion dans le pays se dégage de ces premières analyses.
(ii) de caractériser plus finement les mécanismes associés à la virulence de ces isolats à la fois à travers l’exploration des génomes mais aussi expérimentalement. L’expression de ces mécanismes selon les conditions environnementales sera dans un premier temps testée in vivo sur un modèle invertébré (Caenorhabditis elegans), limitant ainsi le recours à des tests sur animaux vertébrés en accord avec la démarche de réduction des expérimentations animales (Règle des 3 R).
(iii) d’améliorer les méthodes de diagnostic à l’espèce et de caractérisation de la sensibilité aux antibiotiques. Actuellement, des échecs thérapeutiques en cas d’usage d’antibiotiques sont constatés sur le terrain et il n’existe pas de méthode validée pour la mesure de la résistance. Cette démarche sera complétée par une études des supports génétiques de la résistance.
En parallèle, une campagne de terrain sera mise en place d’une part pour objectiver la présence de L. garvieae dans l’environnement direct des piscicultures (eau, biofilm, poisson, rejets d’eau usée) hors période épidémique, d’autre part afin de compléter la collection d’isolats cliniques déjà disponible. Par ailleurs nous nous appuierons sur le réseau de laboratoire (y compris Resapath) pour collecter des isolats cliniques d’autres espèces animales.
Laboratoire
ANSES - Ploufragan
Doctorant
Élodie LELANDAIS
Partenaires financiers
Département des Côtes d'Armor : 57 000€
Le soutien à la recherche doctorale
La collectivité soutient le développement de la recherche sur son territoire par l’accompagnement des établissements de recherche et des centres d’innovation technologique. Ce soutien se fait à travers le co-financement d’équipement de recherche, d’aide à l’amorçage de nouvelle formation de niveau bac+5, dont les enseignements reposent sur des enseignants-chercheurs ou encore de financement d'allocations doctorales. Ainsi, le Département accompagne une dynamique vertueuse : œuvrer à une recherche d’excellence qui participe de l’attractivité des établissements du territoire et permet d’attirer de nouveaux talents.
Le soutien à la recherche doctorale vise plusieurs objectifs
- Dynamiser la recherche scientifique sur notre territoire, les doctorants viennent en effet renforcer les équipes des laboratoires qui peuvent ainsi développer les projets de recherche.
- Consolider des projets scientifiques d’intérêt majeur pour le département : sécurité alimentaire, photonique, numérique, matériaux innovants, éducation artistique et culturelle, démocratie, santé, etc.
- Valoriser la recherche réalisée dans notre territoire, notamment via les publications et présentations scientifiques des doctorants lors de conférences nationales et internationales.
- Favoriser le lien entre recherche académique et recherche appliquée.
- Attirer dans le territoire des jeunes chercheurs qui, pour certains, s’installeront de manière pérenne.
Contacts
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ANSES Laboratoire de Ploufragan - Plouzané
41 rue de BeaucemaineTel. : 02 96 01 62 2222440 PLOUFRAGAN -
DEJES - ESR- Enseignement Supérieur et Recherche
2 Bis rue du Parc - CS 42371Tel. : 02 96 62 62 2222023 SAINT-BRIEUC Cedex 1