TONSILGUARD

L'objectif de ce projet est d'étudier le rôle du microbiote amygdalien dans la protection des porcelets issus de truies vaccinées et d'identifier des biomarqueurs corrélés à cette bonne protection vaccinale. 

L'étudiant aura à sa disposition tous les échantillons d'amygdales collectés lors de l'étude expérimentale réalisée dans le cadre du projet EVASION. Cette étude étant longitudinale, il sera possible de suivre l'évolution du microbiote amygdalien des truies pendant la gestation et des porcelets du sevrage (à l'âge de 4 semaines) jusqu'à l'âge de 9 semaines. La comparaison du microbiote amygdalien des différents groupes (1 : truies EOPS/non vaccinées et porcelets infectés/non infectés ; 2 : truies EOPS/vaccinées et porcelets infectés/non infectés ; 3/truies infectées/non vaccinées et porcelets infectés/non infectés et 4 : truies infectées/vaccinées et porcelets infectés/non infectés)  nous permettra d'étudier si la protection des porcelets peut dépendre de leur microbiote amygdalien, mais aussi de celui de leur mère. Le microbiote amygdalien sera d'abord caractérisé par métabarcoding (séquençage des segments V3-V4 de l'ADNr 16S), comme décrit par Fredriksen et al. (2022), afin d'établir des profils taxonomiques par groupe expérimental et par groupe d'âge, en utilisant des
pipelines bioinformatiques robustes et des outils statistiques adaptés. 

En plus de la composition taxonomique, d'autres marqueurs génomiques corrélés à une bonne protection vaccinale seront 
également recherchés sans a priori par "whole genome shotgun, WGS" (séquençage de tous les ADN de l'échantillon). Enfin, le(s) marqueur(s) identifié(s) sera(ont) recherché(s) dans des échantillons d'amygdales collectés lors de l'étude EVASION réalisée dans un élevage de porcs (avant et après utilisation d'un vaccin autogène, différent de celui de l'étude expérimentale). Ceci nous permettra de tester la robustesse de notre méthode en conditions réelles.

Laboratoire

ANSES - Ploufragan

Katell HERCOUET

Département des Côtes d'Armor : 29 375,225 €

La collectivité soutient le développement de la recherche sur son territoire par l’accompagnement des établissements de recherche et des centres d’innovation technologique. Ce soutien se fait à travers le co-financement d’équipement de recherche, d’aide à l’amorçage de nouvelle formation de niveau bac+5, dont les enseignements reposent sur des enseignants-chercheurs ou encore de financement d'allocations doctorales. Ainsi, le Département accompagne une dynamique vertueuse : œuvrer à une recherche d’excellence qui participe de l’attractivité des établissements du territoire et permet d’attirer de nouveaux talents.

Le soutien à la recherche doctorale vise plusieurs objectifs 

• Dynamiser la recherche scientifique sur notre territoire, les doctorants viennent en effet renforcer les équipes des laboratoires qui peuvent ainsi développer les projets de recherche.
• Consolider des projets scientifiques d’intérêt majeur pour le département : sécurité alimentaire, photonique, numérique, matériaux innovants, éducation artistique et culturelle, démocratie, santé, etc.
• Valoriser la recherche réalisée dans notre territoire, notamment via les publications et présentations scientifiques des doctorants lors de conférences nationales et internationales.
• Favoriser le lien entre recherche académique et recherche appliquée.
• Attirer dans le territoire des jeunes chercheurs qui, pour certains, s’installeront de manière pérenne.